　兼昭の死

幕府の本格的な軍事介入により、興福寺は大和永享の乱の当事者から傍観者へと転落した。日を追うごとに戦火が拡大していく様を、経覚は苦々しく思っていた。
永享3年（1431）8月に興福寺別当再任と大僧正への昇任を足利義教から認められた経覚だったが、永享5年と翌6年には興福寺別当辞任を義教に申し出ている。戦乱の激化にともない、興福寺別当の職務が大きな負担になっていたのだろう。しかし、そのたびに義教に慰留され、永享7年にようやく辞任を認められた。
ところが、後任の松洞院兼昭は永享8年8月、義教の怒りを買って興福寺別当を解任され、同年10月には大安寺別当の地位も失った。兼昭は11月3日に亡くなった。世間では餓死したとも自殺したとも言われた。いずれにせよ、不遇の死である事に変わりはない。
兼昭の死は経覚の心に暗い影を落としたに違いない。以後も経覚は表面上、義教と良好な関係を保っていたが、破局は突然に訪れた。

　義教の怒りを買った経覚

永享9年10月、後花園天皇は将軍御所を訪問し、義教の歓待を受けた。22，23日の両日、舞御覧があった。義教は先例に従って、摂関家や諸門跡に舞人への謝金を負担するよう求めた。大乗院経覚と一乗院教玄にもおのおの5千疋（50貫文）の銭を出すようにと命じた。教玄は奈良市内の一乗院管轄地域の住人から、地口銭（土地の間口の広さに応じて賦課する税金）を徴収して費用を調達したが、経覚は納付を断った。
これが義教の気分を害した。翌永享10年4月、経覚は上洛したが、義教は面会を断った。代わりに武家伝奏の中山定親が「なぜ払わないのか」と経覚を詰問した。これに対して経覚は「今まで私が天下の為にどれだけ骨を折ってきたと思うのか。これ以上の負担には堪えられない」と反論した。
すると、大乗院門徒たちが経覚・尊範師弟の悪行を幕府に訴えた。確かに尊範入室の折に経覚がとった強引な手法については大乗院内にも批判はあったが、経覚は概して公正な門主だった。永享6年に一乗院昭円が義教の不興を買って失脚した際も、一乗院門徒たちが昭円の不正を幕府に訴えていたことを踏まえると、自発的なものではなく義教の意向をくむ形で提起された訴訟であろう。つまり、義教に受けの悪い門主を廃することで、門跡の安泰を計ろうという「主君押込」である。

　経覚・尊範追放

8月3日、大乗院に幕府からの命令書が届いた。大乗院門徒の申請を受理して経覚・尊範師弟を追放する、という内容だった。同月7日、経覚は興福寺を去り大安寺内の己心寺に入るが、義教から「奈良近傍での隠居生活はまかりならん」との命令が下り、12日、平群郡立野（現在の奈良県生駒郡）の宝寿寺に移った。供をするもの僅か二人と言うわびしさだった。尊範も京都を経由して、もとの加賀国に帰り、尋実と名を改めた。
幕府は新門主の選定を急いだ。当初は鷹司家の子息を候補に考えていたが、あまりに幼いため、9歳になる一条兼良の息子に白羽の矢を立てた。同月28日、大乗院門徒たちは上洛し、新門主決定の御礼を義教に申し述べている。
12月8日、9歳の男児が大乗院に入室する。その2年後の永享12年11月に11歳で出家した。尋尊の誕生である。尋尊は翌13年2月には院務始を行い、大乗院に対する九条家の影響力はここに一掃された。
40代半ばにして、経覚の人生は一挙に暗転した。だが、思いもよらない形で経覚に再起のチャンスが訪れた。それは、嘉吉の乱である。