　　　指導者の交代

先に述べた制度の改革と並行して、日本の指導者の交代も急ピッチで進められた。
尤も急いで行われたのは戦争犯罪人の摘発であった。9月11日、東条英機ら開戦時の閣僚を含む39人のＡ級戦犯容疑者の逮捕が命じられた。この時東条はピストル自殺を図ったが、弾が心臓を外れて失敗した。12月6日にはさらに木戸幸一侯爵、近衛文麿公爵ら9人のＡ級戦犯容疑者が指名された。近衛は11月22日に帝国憲法改正「近衛案」を天皇に報告していたが、逮捕直前の12月16日、服毒自殺してしまう。
Ａ級戦犯は結局、次の28人が開戦の共同謀議、奇襲による殺人、戦中の残虐行為などで起訴され、昭和21年（1946）5月3日から東京・市ヶ谷で開かれた極東国際軍事裁判を受けた。判決は昭和23年11月12日に行われた。28人とその裁判結果は次の通り。

　　　Ａ級戦犯　

【絞首刑　7人】　東条英機（首相、陸相）、広田弘毅（首相、外相）、土肥原賢二（陸軍大将、奉天特務機関長）、板垣征四郎（陸軍大将、陸相、関東軍参謀）、木村兵太郎（陸軍大将、東条内閣陸軍次官）、松井岩根（陸軍大将、中支那方面軍司令官）、武藤章（陸軍中将、陸軍軍務局長）
【終身禁固　16人】　荒木貞夫（陸軍大将、陸相・文相）、橋本欣五郎（陸軍大佐、急進派将校らの「桜会」中心人物、衆議院議員）、畑俊六（陸軍元帥、陸相、支那派遣軍司令官）、平沼騏一郎（首相、枢密院議長）、星野直樹（国務相、企画院総裁、東条内閣書記官長）、賀屋興宣（東条内閣蔵相、赦免後衆議院議員）、木戸幸一（内大臣）、小磯国昭（陸軍大将、首相）、南次郎（陸軍大将、陸相、朝鮮総督）、岡孝純（海軍中将、海軍省軍務局長）、大島浩（陸軍中将、駐ドイツ大使）、佐藤賢了（陸軍中将、陸軍省軍務局長）、嶋田繁太郎（海軍大将、東条内閣海相）、白鳥敏夫（駐イタリア大使、衆議院議員）、鈴木貞一（陸軍中将、東条内閣国務相、企画院総裁）、梅津美治郎（陸軍大将、参謀総長）
【禁固20年　1人】　東郷茂徳（東条内閣・鈴木内閣の外相）
【禁固7年　1人】　重光葵（東条の後東条内閣外相、刑期満了後改進党総裁、鳩山内閣副総理、外相
【そのほか　3人】　松岡洋右（満鉄総裁、第二次近衛内閣外相）＝裁判中病死　永野修身（海軍元帥、軍令部総長）＝裁判中病死、大川周明（国家主義運動家）＝裁判中に精神病を発病、免訴・釈放
東条ら7人の絞首刑は判決の39日後、昭和23年12月23日に執行された。その翌日には不起訴となったA級戦犯容疑者19人が釈放された。のち首相となる岸信介もその中にいた。禁固刑の人々のうち小磯、東郷、白鳥の3人は服役中に病死した。その他は多くが病気などで昭和30年ころまでに仮釈放となり、講和後の昭和33年4月、全員赦免になった。
Ａ級戦犯のほかに、連合国は東アジア各地に49の軍事法廷を設け、捕虜虐待などの罪で日本の軍人・軍属らをさばいた。被告数は5700人といわれ、984人が死刑となり、無期刑475人、有期刑2944人を数えた。刑を受けた人々の中には、朝鮮や台湾の人々もいた。

　　　公職追放　

ＧＨＱは10月4日付の指令で思想警察の要員を追放したあと、同月30日、「教師と教職者の調査、精選、資格決定に関する覚書」を出し、職業軍人や軍国主義鼓吹者の教育界からの追放、敗戦までに自由主義・平和主義を理由に教職を追われた人々の復帰を指示した。政府は昭和21年5月にこれを勅令で実施、約7000人の教職者が追放された。
さらに大規模な追放が、昭和21年1月4日付の「好ましくない人物の公職よりの除法に関する覚書」であった。これには、「軍国主義的国家主義と侵略の活発な主唱者」「一切の極端な国家主義的団体、暴力主義的団体、又は秘密愛国団体及びそれらの機関又は協力団体の有力分子、大政翼賛会、翼賛政治会、大日本政治会の活動における有力分子」などを公職から追放し、公共性のある職業に就くことを禁止するとあった。のち追放基準は拡大され、民間の有力会社や経済団体、マスメディアなどの戦争中の幹部らも追放された。占領の全期間を通じて追放された人は21万余人とされる。このうち最も多かったのは軍人の約16万3600人、次いで政治家の約3万4900人であった。
追放令は、基準を恣意的に解釈する余地があったため、鳩山一郎、平野力三、石橋湛山らの追放など、特に有力政治家に適用する場合に問題があった。また、のち昭和25年6月6日には、マッカーサーの吉田茂首相宛書簡で共産党幹部24人が追放されたが、これも昭和21年追放令の適用とされた。しかし、それらの欠陥はあったものの、日本政治の戦前と戦後との不連続をつくるにあたって、大きな効果を持ったのは確かであった。